次氯酸会慢慢发生自身氧化还原反应而分解，在分解时每个次氯酸分子会吸收电子，达到杀菌目的，并解离出氢离子，氯离子与氧气。
2HOCl → 2H+ + 2Cl- + O2↑
地球上所有的生物都由细胞构成，生物中的细胞不断的分裂增生使得生物能够存活以及成长，细胞分裂的过程中，必需依靠各种功能的蛋白质，例如：酵素、激素，才能够存活并分裂出新的细胞。
病毒、细菌与霉菌都属于"微生物"，细胞膜表面布满具有功能的表面蛋白，而次氯酸能够抢得这些细胞表面蛋白的电子，使得表面蛋白被氧化而失去活性，微生物便无法摄取营养、及代谢，最后停止分裂产生新细胞，进而达到灭菌的效果。

杀灭微生物的机理

次氯酸是无机小分子，可以穿透微生物的细胞壁、细胞膜，破坏微生物的蛋白质、核酸等生命物质，导致微生物死亡。

此外，次氯酸消毒液还能够分解蔬菜、水果等农副产品上所残存的微量农药。绝大多数农药都是由有机物组成的，次氯酸钠所释放出来的新态氧能氧化分解掉这些物质。