次氯酸消毒剂效果受有机物多少、使用消毒剂浓度、温度等因素的影响。消毒对象体系中的有机物多，杀菌效果相对降低；消毒剂浓度增加、温度升高，均能使其杀菌作用增加。在未添加有机物的条件下，悬液杀菌试验，有效氯含量50mg/L的次氯酸消毒剂在20℃~25℃、3min对枯草菌黑色变种芽孢的杀灭率达到99.99%以上，在40℃时，同样有效氯含量的次氯酸水达到相同的效果仅需30s；而60mg/L的次氯酸消毒剂在35℃，1min可以达到同样的杀灭效果。